Các mối đe dọa chính đối với cầy mực là mất môi trường sống và suy thoái rừng do khai thác gỗ và chuyển rừng sang sử dụng đất phi rừng trong phạm vi của cầy mực. Tình trạng mất môi trường sống đã diễn ra nghiêm trọng ở các vùng đất thấp của Sunda trong phạm vi của nó, và không có bằng chứng cho thấy cầy mực sử dụng rừng trồng thay thế phần lớn rừng tự nhiên. Ở Trung Quốc, nạn phá rừng tràn lan và các hoạt động khai thác gỗ theo cơ hội đã làm chia cắt môi trường sống thích hợp hoặc các địa điểm bị loại bỏ hoàn toàn. Ở Philippines, nó bị bắt để buôn bán động vật hoang dã, và ở phía nam phạm vi của nó, nó cũng bị bắt để làm thức ăn cho người. Ở Lào, nó là một trong những loài ăn thịt sống trong lồng được trưng bày thường xuyên nhất và da được buôn bán thường xuyên ở ít nhất là Viêng Chăn. Ở các vùng của Lào, nó được coi là một món ngon và cũng được kinh doanh như một mặt hàng thực phẩm sang Việt Nam.

Các Orang Asli của Malaysia nuôi cầy mực làm thú cưng.